В июле 2015 года после камеральной проверки декларации по НДС за 4 квартал 2014 года инспекция приняла решение о возмещении почти 35 млн рублей. Денежные средства на расчетный счет компании не поступили, и она обратилась в ИФНС с просьбой разъяснить сложившуюся ситуацию. Обращение было оставлено без ответа. УФНС пояснило, что в связи с возбуждением уголовного дела при выемке документов из казначейства изъята заявка на возврат средств.

Затем компания изменила юрадрес и подала декларацию по НДС за 3 квартал 2015 года с суммой налога к уплате и заявление о зачете налога в счет переплаты. Однако в справке о состоянии расчетов от декабря 2015 года в новой инспекции у компании не отражена переплата. В июле 2017 года компания обратилась в налоговую с заявлением об отражении переплаты и начислении процентов в связи с несвоевременным перечислением денег на счет налогоплательщика. Получив отказ, компания обратилась в суд.

Суды трех инстанций (дело № А40-176860/2017) отменили решение инспекции, разъяснив, что поручение на возврат, оформленное на основании решения о возврате, должно быть направлено в УФК. В данном случае инспекция направила только файл-заявку на возврат налога. Таким образом, обязанность налоговой по возврату НДС не исполнена. Отклонен довод инспекции о том, что изъятие следственными органами файлов-заявок явилось препятствием для возврата, поскольку выемка файлов не является основанием для неисполнения налоговой собственного решения и статьи 176 НК.

Кассация (Ф05-12399/2018 от 14.08.2018) отметила: «проведение правоохранительными органами проверки общества не влияет на обязанность налогового органа возвратить НДС на основании уже вынесенного решения о возмещении налога, а также совершить иные действия, предусмотренные статьей 176 Налогового кодекса».

Суды учли, что решений об отмене или приостановлении исполнения решений о возврате НДС ни ИФНС, ни следственными органами не принималось. Суды постановили возместить налог и проценты, предусмотренные пунктом 10 статьи 176 НК.