В письме от 21.05.18 № 03-07-11/33956 Минфин напомнил, что денежные средства, не связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), в налоговую базу по НДС не включаются.

Так что получаемые покупателем деньги, перечисляемые поставщиком в целях компенсации расходов покупателя по оплате банковской гарантии, в налоговой базе по НДС не учитываются.