В письме от 20.04.18 № 03-07-07/26854 Минфин ответил на вопрос о вычете сумм НДС, уплаченных при ввозе в РФ медицинских товаров по ставке 18%, если при их реализации применяется ставка 10%.

Суммы ввозного НДС подлежат вычетам в случае использования товаров для операций, облагаемых НДС, после принятия их на учет и при наличии документов, подтверждающих фактическую уплату налога при ввозе товаров.

Так что в рассмотренной ситуации уплаченный НДС принимается к вычету в полном объеме.