В письме от 15 февраля 2018 г. N 03-07-14/9470 Минфин отвечал на вопрос, что делать с НДС предпринимателю на УСН, который получил оплату, включающую НДС.

Обязанность по уплате НДС в бюджет возлагается на продавца, применяющего УСН, только в случае выставления таким продавцом покупателю счета-фактуры с выделением суммы НДС.

При невыставлении счета-фактуры продавцом на УСН обязанности по уплате НДС в бюджет не возникает, в том числе в случае, если в договоре стоимость реализуемых товаров (работ, услуг) указана "с НДС" и при оплате этих товаров (работ, услуг) заказчиком в платежном поручении выделена сумма НДС.