В феврале 2013 года компания сдала в налоговую декларацию по НДС за 4 квартал 2012 года (корректировка 0). По результатам камеральной проверки нарушений не установлено. Затем компания самостоятельно выявила ошибки и пропуски в исчислении налога, а также отсутствие ряда первичных документов. Собрав недостающие документы, в октябре 2015 года компания представила уточненную декларацию (корректировка 1) с суммой налога к возмещению (вычеты, заявленные впервые, составили 18,7 млн рублей), а в январе 2016 года – еще одну уточненку (корректировка 2).
По результатам камеральной проверки декларации с корректировкой 2 инспекция указала на пропуск срока для заявления права на вычет, предусмотренного пунктом 2 статьи 173 НК.
При обращении в суд (дело № А03-1485/2017) компания пояснила, что при проверке первой уточненки в январе 2016 года налоговый инспектор усомнился в обоснованности одного из вычетов, так как один из контрагентов «не подтверждает свою деятельность (не отвечает на запросы)». Вторая уточненка была подана именно по рекомендации инспектора – без вычетов на 154 тысяч рублей по указанному контрагенту.
ИФНС не поддержала предложение суда допросить в качестве свидетеля указанного налогового инспектора.
Суды трех инстанций (постановление кассации Ф04-5917/2017 от 19.01.2018) удовлетворили требование компании, указав, что право на применение вычетов на 18,7 млн рублей было заявлено впервые в октябре 2015 года (то есть в пределах установленного пунктом 2 статьи 173 НК срока). Суды пояснили, что праву налогоплательщика на представление уточненной декларации корреспондирует полномочие налогового органа на ее проверку. Оспариваемые вычеты были заявлены в пределах установленного срока. Доказательств недостоверности документов и направленности действий компании на получение необоснованной налоговой выгоды инспекцией не представлено.
