В письме от 19.12.17 № 03-05-06-04/84814 Минфин напомнил, что сумма излишне уплаченного налога может зачитываться в счет погашения недоимки по иным налогам, задолженности по пеням и штрафам.
Зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам.
Согласно пункту 5 статьи 78 НК зачет излишне уплаченного налога в счет погашения задолженности по пеням производится налоговым органом самостоятельно, в том числе по заявлению налогоплательщика.
При этом НК не ограничен срок, в течение которого налоговые органы могут самостоятельно производить зачет в счет погашения недоимки и долгов по пеням и штрафам.
Так что налоговые органы вправе зачесть сумму излишне уплаченного транспортного налога в счет погашения задолженности по пеням шестилетней давности.