ООО «А» (подрядчик) для выполнения работ по госзаказам привлекло ООО «Ц» (субподрядчика), а затем заявило вычеты в декларации по НДС. В подтверждение вычетов были представлены договоры субподряда, счета-фактуры, акты о приемке выполненных работ.
По результатам выездной проверки налоговая признала формальными сделки с ООО «Ц», доначислила НДС, пени и штраф. Установлено, что у контрагента необходимые ресурсы для выполнения работ отсутствовали, а документы по сделке были подписаны неустановленными лицами, поскольку руководитель контрагента к тому моменту умер. Работники ООО «А» и заказчиков привлечение субподрядчика не подтвердили.
Суды трех инстанций (дело № А03-6231/2016) признали законным решение налоговой, установив, что на момент ликвидации контрагента задолженность по субподрядным работам составляла более 26 млн рублей. Однако никаких мер для ее взыскания ООО «Ц» не предпринимало. Контрагент не функционировал как юрлицо, так как не обладал признаками, предусмотренными статьей 53 ГК, из-за отсутствия руководителя - он умер до подписания документов. Расчетный счет контрагента открыт в другом городе, на что кассация отметила: «отдаленность работающей организации от кредитного учреждения, в котором открыт расчетный счет, создает определенные неудобства для реального осуществления деятельности».
Суды (постановление кассации Ф04-5248/2017 от 15.12.2017) также отклонили довод компании о подписании акта и справки по налоговой проверке неустановленным лицом. Замначальника налоговой находился в отпуске. Его обязанности на основании приказов исполняли другие лица. На них, в том числе, был возложен контроль и координация деятельности отдела выездных проверок, в том числе подписание документов.