По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании НДС, пени и штраф, указав на отсутствие права на освобождение от НДС, предусмотренное подпунктом 23 пункта 2 статьи 149 НК, в отношении услуг буксиров по установке (снятию) бонового ограждения судов. Компания ссылалась на разъяснения Минтранса, согласно которым такие услуги относятся к обслуживанию морских судов в период их стоянки в порту, и, как следствие, согласно указанной выше норме от обложения налогом освобождены. Суды трех инстанций признали законным решение инспекции, указав, что услуги оказаны в рамках безопасной погрузки товара, а не в целях обслуживания непосредственно судов. Суды пояснили, что разъяснения Минтранса не могут служить основанием для освобождения налогоплательщика от уплаты пени и штрафа. 

Компания обратилась в КС с иском о проверке конституционности пункта 8 статьи 75, подпункта 3 пункта 1 статьи 111 и подпункта 23 пункта 2 статьи 149 НК, поскольку они содержат неоднозначное и неопределенное понятие "работы (услуги) по обслуживанию морских судов", согласно толкованию налоговиков запрещают применять льготу по НДС и допускают начисление пени несмотря на выполнение письменных рекомендаций Минтранса.

КС (постановление от 28.11.17 № 34-П) признал эти нормы не противоречащими Конституции и указал на ряд дел, в которых суды, в том числе ВС, освободили такие услуги от обложения налогом. КС также разъяснил, что для получения информации о налоговом законодательстве следует обращаться в орган, уполномоченный давать письменные разъяснения о порядке исчисления и уплаты налогов. Именно налоговые органы информируют налогоплательщиков о законодательстве о налогах и сборах, при этом руководствуясь разъяснениями Минфина. ФНС контролирует соблюдение налогового законодательства и дает разъяснения по его применению.

В постановлении суда указано: «юридически значимые разъяснения для налоговых целей в любом случае должны исходить от финансовых, налоговых и других уполномоченных органов государственной власти, которые правомочны получить дополнительные сведения от иных государственных органов в порядке межведомственного взаимодействия». Таким образом, выполнение разъяснений Минтранса, направленных налогоплательщику, не освобождает от пени при нарушении налогового законодательства, в налоговая вправе самостоятельно запросить и учесть разъяснения Минтранса.

Правоприменительные решения по делу компании подлежат пересмотру в толковании, расходящемся с разъяснениями КС.