По результатам выездной проверки компании за 2012-2014 годы инспекция обнаружила торговлю на площади более 150 квадратных метров, указала на неправомерное применение ЕНВД в 2012 году и доначислила налоги по общей системе. Компания обратилась в инспекцию с заявлением о возврате переплаты. Инспекция в возврате отказала, сославшись на истечение трехлетнего срока с момента уплаты налога (пункт 7 статьи 78 НК). 

При обращении в суд компания пояснила, что факт переплаты подтвержден платежными поручениями от 21 января 2013 года, а срок исковой давности следует исчислять с даты акта проверки (24 июня 2016 года).

Суды трех инстанций (дело № А60-56534/2016) отказали в удовлетворении требований. Налогоплательщик вправе обратиться в суд с иском о возврате переплаты, и в этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности - со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права.

Спорная переплата возникла в связи с тем, что фактически компания в 2012 году уплачивала не тот налог, поскольку для торговли использовалась площадь более 150 квадратных метров (и компания знала об этом исходя из содержания договоров еще в 2012 году). Налогоплательщик не представил доказательств невозможности правильного исчисления налогов (изменение законодательства, изменение фактических обстоятельств ведения деятельности). Таким образом, с заявлением о возврате налога компания могла обратиться не позднее 21 января 2016 года, тогда как исковое заявление подано 23 ноября 2016 года, то есть за пределами установленного законом трехлетнего срока исковой давности.

Судья ВС (309-КГ17-15360 от 27.10.2017) отказал компании в передаче дела в коллегию по экономическим спорам, отклонив довод налогоплательщика о том, что при невозврате спорной суммы налога складывается ситуация, при которой дважды уплачены в бюджет налоги по разным режимам налогообложения за один и тот же период.