В письме от 11 октября 2017 г. N 03-07-13/1/66220 Минфин рассказал о применении НДС, если филиал организации, зарегистрированной в стране ЕАЭС, находится в другой стране ЕАЭС и ввозит туда товары, полученные от головной организации.
Косвенные налоги в торговых отношениях государств - членов ЕАЭС применяются в соответствии с Договором о ЕАЭС от 29 мая 2014 года. Согласно ему при импорте на территорию государства - члена ЕАЭС с территории другого государства - члена ЕАЭС товаров в связи с их передачей в пределах одного юрлица косвенные налоги не взимаются.
Так что в рассмотренной ситуации НДС не возникает.