ООО (подрядчик) выполняло для ОАО (заказчик) работы по строительству комплекса. По условиям договора окончательная стоимость работ определяется в соответствии с выданной заказчиком утвержденной проектно-сметной документацией, методикой определения стоимости работ и на основании фактически выполненных работ. Генподрядчик ежемесячно представлял заказчику не позднее 23 числа на подпись акты КС-2 и до 1 числа следующего месяца – справки КС-3.

Поэтапная (промежуточная) сдача-приемка выполненных работ производилась ежемесячно (судя по всему, при этом оценивался полный объем, включая работы прошлых периодов). По работам, которые выполнены и оплачены в предыдущих периодах, компания оформляла КС-2 с отрицательными показателями для исключения дублирования учета работ. Суммы по этим актам уменьшали налоговую базу по НДС.

По результатам выездной проверки подрядчика ИФНС указала на неправомерное уменьшение стоимости выполненных в 1-3 кварталах 2012 года работ по отрицательным актам формы КС-2. По мнению инспекции, налоговая база по НДС может быть сформирована только исходя из "положительных" актов формы КС-2, и уменьшение налоговой базы на основании "минусовых" актов КС-2 возможно только в порядке составления корректировочных счетов-фактур.

Суды трех инстанций (дело № А36-6804/2016) отменили решение инспекции, признав, что спорные "минусовые" КС-2 оформлялись на работы, выполненные в предшествующие периоды и включенные ранее в налогооблагаемую базу на основании справок КС-3. В соответствии с пунктом 10 статьи 172 НК корректировочные счета-фактуры составляются на основании документа, на основании которого изменяется стоимость отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг). При этом инспекцией не доказано изменение объема и стоимости фактически выполненных работ в спорные периоды (1, 2, 3 кварталы 2012 года) в качестве оснований для составления корректировочных счетов-фактур.

Кассация (Ф10-2848/2017 от 14.08.2017) отметила: "составление "минусовых" актов было направлено на устранение в налоговом учете повторного отражения передачи тех работ, которые уже были переданы и приняты заказчиком ранее".