В письме от 7 июля 2017 г. № СД-3-3/4616@ ФНС напомнила, что в соответствии с подпунктом 3 пункта 6 статьи 346.45 НК (в редакции, действовавшей в 2014 году) ИП считался утратившим право на ПСН и перешедшим на общий режим налогообложения с начала налогового периода, на который ему был выдан патент, при неоплате стоимости патента в установленные сроки.

Вместе с тем, ВС в определении от 20.01.2017 № 301-КГ16-16143, принятом в рамках рассмотрения дела № А38-7494/2015, указал, что взаимосвязанные положения глав 26.2 и 26.5 НК позволяют сделать вывод о том, что УСН в случае ее применения ИП является общей по отношению к ПСН, в рамках которой производится налогообложение доходов лишь по отдельным видам деятельности налогоплательщика.

Таким образом, при утрате ИП права на применение ПСН по отдельным видам деятельности в случае применения им УСН, налогоплательщик имеет право перейти на соответствующий режим налогообложения.

Разночтения были сняты позднее - федеральным законом от 30.11.2016 № 401-ФЗ внесены изменения в пункт 6 статьи 346.45 НК, в соответствии с которыми с 1.01.2017 налогоплательщик, утративший право на ПСН, считается перешедшим на общий режим налогообложения (на УСН, на ЕСХН – в случае применения соответствующего режима налогообложения) с начала налогового периода.