Предприниматель зарегистрировался в июне 2013 года и с момента регистрации исчислял и уплачивал налог по УСН, представлял налоговые декларации по УСН.

По результатам выездной проверки за 2013 -2014 годы налоговая доначислила НДФЛ, НДС, пени и штраф, указав на неправомерное применение УСН ввиду непредставления заявления о переходе на УСН. Налоги доначислены на основании данных о движении денежных средств по расчетному счету предпринимателя, книг учета доходов и расходов, товарных накладных и актов выполненных работ.

Предприниматель оспорил решение в суде (дело № А36-2881/2016), поясняя, что подавал заявление о применении УСН одновременно с регистрацией в качестве ИП, но не смог по истечении двух лет во время проверки найти документ, подтверждающий подачу заявления, из-за его утраты при переезде.

Суды трех инстанций отменили решение инспекции, установив, что в лицевом счете налогоплательщика по данному налогу инспекция отражала начисление и уплату налога по УСН в течение 2013-2014 годов, сообщений об отказе в применении УСН или о нарушении сроков уведомления о переходе на УСН не направляла. Напротив, в мае 2016 года направила в адрес налогоплательщика требование об уплате налога, пени, штрафа, процентов по УСН. Доказательств выставления ИП счетов-фактур с НДС или заявления вычетов по НДС инспекцией не представлено.

Суды отметили, что в случае уплаты предпринимателем налога по УСН с 2013 года без представления соответствующего уведомления инспекция обязана была направить сообщение о нарушении сроков направления уведомления о переходе на упрощенку.

Суды (постановление кассации Ф10-1709/2017 от 31.05.2017) также учли показания доверенного лица предпринимателя и его бухгалтера, подтвердивших изготовление и подачу уведомления о переходе на УСН в инспекцию.