В письме от 04.04.17 № БС-4-21/6264 ФНС напомнила, что плательщиками транспортного налога признаются лица, на которых  зарегистрированы транспортные средства, признаваемые объектом налогообложения.

Уплата транспортного налога и авансовых платежей по налогу производится налогоплательщиками в бюджет по месту нахождения транспортных средств. Таковым признается место нахождения организации (ее обособленного подразделения), по которому зарегистрировано транспортное средство. Это не касается водных и воздушных транспортных средств.

В случае прекращения в течение налогового периода организацией деятельности через обособленное подразделение (закрытия обособленного подразделения) по окончании этого налогового периода налогоплательщик обязан представить декларацию по транспортному налогу и уплатить налог по месту нахождения закрываемого обособленного подразделения.

При закрытии обособленного подразделения налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения направляет документы, связанные с его деятельностью, в налоговый орган по месту нахождения организации. Все документы формируются на дату снятия с учета обособленного подразделения.

Если декларация по транспортному налогу не представлена в налоговый орган до снятия с учета в налоговом органе обособленного подразделения, то представлять декларацию за последний налоговый период деятельности обособленного подразделения следует по месту нахождения организации с указанием ОКТМО по месту нахождения закрытого обособленного подразделения.