В письме от 20.04.17 № 03-07-09/23680 Минфин напомнил, что организация, не признаваемая налогоплательщиком НДС в связи с применением ЕСХН, при реализации товаров (работ, услуг), имущественных прав, не подлежащих обложению НДС, покупателям счета-фактуры не выставляет.

Однако если счет-фактура с выделением суммы НДС все же выставлен, то вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет.

Если в счете-фактуре, выставленном при реализации недвижимого имущества организацией на ЕСХН неверно указана сумма НДС, в этот счет-фактуру вносятся исправления в порядке, установленном пунктом 7 правил заполнения счета-фактуры (постановление 1137). Корректировочный счет-фактура в этом случае не выставляется.