В отношении компании была назначена выездная проверка, по результатам которой были доначислены налоги, пени и штрафы. До вынесения решения компания представила в инспекцию уточненную декларацию по налогу на прибыль, которая не была учтена при вынесении решения.

Компания обратилась в суд (дело № А11-7426/2015), полагая, что  инспекция должна была учесть уточненку при вынесении решения по проверке.

Суды трех инстанций отказали в удовлетворении требований, разъяснив, что НК не содержит запрета на подачу уточненных деклараций в случае назначения, проведения или окончания выездной проверки данного периода. При предоставлении уточненной декларации после окончания выездной проверки, но до принятия решения по ней, инспекция вправе провести дополнительные мероприятия налогового контроля, руководствуясь пунктом 6 статьи 101 НК, либо, вынося решение без учета данных уточненки, назначить повторную выездную проверку в части уточненных данных.

В решении кассации (Ф01-1309/2017 от 10.05.2017) указано: «праву налогоплательщика на представление уточненной налоговой декларации после окончания налоговой проверки корреспондирует право, а не обязанность налогового органа на проведение дополнительных мероприятий налогового контроля».

В данном случае компания внесла изменения в показатели доходной и расходной частей налоговой базы по налогу на прибыль, не совпадающие с результатами выездной проверки, не представив пояснения и подтверждающие документы. Провести дополнительные мероприятия налогового контроля в ограниченный законодательством срок (один месяц) не представилось возможным.