В письме от 20.04.2017 № БС-4-11/7552@ ФНС напомнила, что расчеты по взносам, в том числе уточненные, за периоды, истекшие до 2017 года, сдаются в ПФ и ФСС. Это предусмотрено федзаконом 250-ФЗ, который был связан с передачей администрирования взносов в ФНС.

Так что если сотруднику организации в январе-марте 2017 года была пересчитана зарплата за 2016 год, то уточненные расчеты следует представить в соответствующие фонды. Фонды, в свою очередь, затем передадут сведения налоговикам для корректировки состояния расчетов по взносам.