В письме от 27.03.2017 N БС-4-21/5548@ ФНС напомнила, что от транспортного налога освобождаются физлица в отношении каждого транспортного средства с разрешенной максимальной массой свыше 12 тонн, зарегистрированного в реестре "Платона", если сумма платы за вред дорогам, уплаченная в налоговом периоде, превышает или равна сумме исчисленного налога.
Если транспортный налог больше суммы платы, то предоставляется налоговая льгота - налог уменьшается на сумму платы.
Физлицо, имеющее право на льготу, представляет в налоговый орган по своему выбору заявление и документы, подтверждающие право на льготу.
Глава 28 НК "Транспортный налог" не содержит каких-либо особенностей исчисления и уплаты налога либо применения налоговой льготы и зависимости от регистрации физлица - владельца транспортного средства в качестве ИП.
В ГИБДД регистрация транспортных средств, принадлежащих физлицам, зарегистрированным как ИП, также производится в порядке, предусмотренном для регистрации транспортных средств за физлицами.
Так что, по мнению ФНС, основания применения указанной льготы не зависят от регистрации физлица в качестве ИП.