Предприниматель занималась розничной торговлей продовольственными товарами и применяла общую систему налогообложения. Помещение для торговли было арендовано у другого предпринимателя, однако в мае 2012 года договор был расторгнут, ККТ снята с учета. В 3 квартале 2012 года предприниматель заявила возмещение в декларации по НДС при нулевой налоговой базе.

По результатам камеральной проверки инспекция отказала в возмещении налога, указав, что товар приобретен не для операций, подлежащих обложению НДС.

Согласно представленным декларациям предприниматель в период с 3 квартала 2012 года по 11 июня 2014 года доходов не имела. 11 июня она утратила статус ИП, а 23 июня того же года зарегистрировалась как ИП с применением УСН. По мнению инспекции, она приняла решение о снятии с учета с целью невыполнения обязанности по восстановлению ранее принятого к вычету и возмещенного НДС при переходе с общей системы налогообложения на УСН.

Предприниматель обратилась в суд, поясняя, что торговля не велась ввиду временного прекращения договора, находящиеся на хранении в гаражном боксе коробки с товаром по причине затопления водой потеряли свой товарный вид и были уничтожены.

Суды трех инстанций (дело № А42-5187/2015) отменили решение инспекции, указав, что инспекцией не опровергнут факт приобретения товара для последующей перепродажи. Довод об отсутствии намерений реализации товара носит предположительный характер и документально не подтвержден. Суды отметили, что реализация приобретенного товара не является в силу НК условием применения налоговых вычетов по НДС, а отсутствие возможности использовать приобретенные товары в предпринимательской деятельности по причине их утраты не свидетельствует о неправомерности вычетов. Прекращение деятельности в связи с расторжением договора аренды не означает отсутствие намерения использовать товар для операций, облагаемых НДС. 

Суды (Ф07-1914/2017 от 06.04.2017) также пояснили, что списание и уничтожение ТМЦ не изменяет назначение их использования. НК не содержит норм, обязывающих налогоплательщика при списании товаров восстанавливать суммы НДС, ранее правомерно принятых к вычету. В том числе, не является основанием для восстановления сумм налога списание товарно-материальных ценностей в связи с их утратой, порчей, недостачей, браком.