19 октября 2010 года и 20 января 2011 года компания сдала в налоговую декларации по НДС за 3 и 4 кварталы 2010 года.

Позднее – 12 марта 2014 года – были представлены уточненные декларации с уменьшением до нуля налоговой базы по реализации товаров. По результатам камеральных проверок инспекция отказала в возмещении НДС со ссылкой на истечение трехлетнего срока. Данные решения были оспорены в судебном порядке. Суды двух инстанций признали недействительными решения инспекции в полном объеме. Во исполнение вступившего в законную силу решения суда первой инстанции, оставленного без изменения постановлением апелляции, инспекция возместила НДС путем возврата денежных средств на расчетный счет компании.

Однако затем налоговая обратилась в окружной суд, который ее поддержал и отменил решения судов. Компания возвратила в бюджет ранее возмещенный налог, а ИФНС выставила требование об уплате пени в сумме 1,3 млн рублей за тот период, когда компания фактически пользовалась возвращенными денежными средствами на основании вступившего в силу судебного акта.

Суды двух инстанций (дело № А55-14110/2016) признали недействительным требование, указав, что сроки для уплаты налога, ошибочно возвращенного инспекций, в частности, по решению суда, НК не предусмотрены.

Кассация (Ф06-18771/2017 от 06.04.2017) опять отменила решение судов, признав требование законным. Суд разъяснил, что возмещение налога непосредственно связано с исчислением сумм налога к уплате и является следствием применения налоговых вычетов. Неправомерное возмещение из бюджета денежных средств влечет необходимость корректировки налоговой декларации и уплаты в бюджет налога, ранее полученного на основании недостоверных либо ошибочных данных. Тот факт, что возврат налога налогоплательщику инспекцией был произведен на основании вступившего в законную силу решения суда, впоследствии отмененного кассацией, не имеет правового значения для квалификации спорной суммы в качестве недоимки. При этом положения пункта 2 статьи 11 НК, определяющие недоимку как сумму налога или сбора, не уплаченную в установленный срок, не препятствуют начислению пеней на сумму неправомерно возмещенного НДС.