В ходе выездной проверки ИФНС установила доход, не учтенный в налоговой базе по НДС по ряду контрагентов, доначислила налог, пени и штраф. Компания, в свою очередь, представила счета-фактуры за те же периоды, подтверждающие право компании на вычеты "входящего" НДС, также не учтенные при исчислении налога.

Суд первой инстанции (дело № А57-8800/2015), отменяя решение инспекции, указал, что инспекция, доначисляя НДС, не применила налоговые вычеты, полностью подтвержденные первичными документами. Таким образом, не был определен действительно подлежащий уплате в бюджет налог.

Апелляция отменила его решение, указав на положения статей 52, 80, 171 – 173 НК — применение налоговых вычетов по НДС является правом налогоплательщика, носит заявительный характер посредством их декларирования. Уточненные декларации по НДС поданы компанией после вынесения решения налоговой.

Кассация (Ф06-17650/2017 от 10.03.2017) согласилась с выводами апелляции, отметив, что недекларирование налоговых вычетов не лишает налогоплательщика права на их применение в последующем при соблюдении условий, установленных статьями 171 – 173 НК.