Компания занималась предоставлением коммунальных услуг, которые согласно подпунктов 29 и 30 пункта 3 статьи 149 НК не подлежат обложению НДС. Согласно пункту 5 статьи 149 НК она была вправе отказаться от указанной льготы, представив в инспекцию соответствующее уведомление. В декабре 2009 года первичное уведомление, а затем в декабре 2010 года повторное были направлены в инспекцию.

По результатам камеральных проверок уточненных деклараций по НДС за 1-4 кварталы 2010 года инспекция отказала в возмещении НДС, указав на пропуск срока для подачи уведомления — не позднее 1 числа налогового периода, с которого налогоплательщик намерен отказаться от освобождения. При этом первое уведомление инспекцией получено не было.

Суды трех инстанций (дело № А40-204837/2015) отменили решение инспекции, указав, что заявления были поданы дважды, а последнее подано перед подачей уточненных деклараций за 2010 год, то есть на момент проведения камеральных проверок налоговый орган был уведомлен об отказе от льгот. При этом по смыслу пункта 5 статьи 149 НК налогоплательщик лишь информирует о своем намерении использовать право на освобождение, а последствия нарушения срока уведомления законом не установлены.

В решении кассации (Ф05-21179/2016 от 20.01.2016) указано: «пропуск срока в силу норм налогового законодательства не влечет правового последствия в виде лишение права на вычет (возмещение) НДС».