В 2011-2013 годах компания применяла два режима налогообложения: по общей системе (оптовая торговля) и ЕНВД (розничная торговля). Приобретенные товары использовались в операциях, облагаемых НДС и необлагаемых НДС. Согласно учетной политике компании сначала весь НДС по приобретенным товарам принимался к вычету, а затем в случае дальнейшего использования их для операций, не подлежащих налогообложению НДС, восстанавливался.

По результатам выездной проверки налоговая доначислила НДС, пени и штраф, указав на неправомерность вышеуказанной методики. При этом факт принятия к вычету НДС в полном объеме по товарам, приобретенным для реализации через оптовую и розничную торговлю, подтверждается счетами-фактурами, книгами покупок, налоговыми декларациями.

Суды трех инстанций (дело № А03-19439/2015) признали законным решение инспекции, указав на положения пункта 7 статьи 346.26 НК, обязывающего при совмещении деятельности по ЕНВД с другой деятельностью вести раздельный учет. При этом налогоплательщик должен организовать налоговый и бухгалтерский учет так, чтобы можно было однозначно определить, к какому виду деятельности относятся те или иные суммы "входящего" налога.

В решении кассации (Ф04-5863/2016 от 19.01.2016) указано: "Налоговым кодексом РФ не предусмотрено право налогоплательщика предъявлять к вычету часть налога, относящуюся к операциям по реализации товара (работ, услуг), которые не подлежат налогообложению".