В письме от 07.11.16 № 03-04-06/64995 Минфин напомнил, что организации, признаваемые налоговыми агентами по НДФЛ при совершении операций с ценными бумагами, перечислены в статье 226.1 НК. Исходя из ее положений, организации, не являющиеся профессиональными участниками рынка ценных бумаг, приобретающие акции у физлиц по заключенным с ними договорам купли-продажи, налоговыми агентами не признаются.
В этом случае налогоплательщик - физлицо при получении дохода от продажи акций должен самостоятельно исчислить сумму налога и представить в налоговый орган налоговую декларацию.
Вышеизложенное в равной мере применяется в отношении доходов, выплачиваемых организациями, не признаваемыми налоговыми агентами, физическим лицам, не являющимся налоговыми резидентами РФ.