В письме от 9 ноября 2016 г. N БС-4-11/21223@ ФНС указала, что налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, представляют расчет 6-НДФЛ в отношении работников этих подразделений в налоговый орган по месту учета таких подразделений, а также в отношении физлиц, получивших доходы по договорам гражданско-правового характера, в налоговый орган по месту учета обособленных подразделений, заключивших такие договоры.
Налоговые агенты - организации, отнесенные к категории крупнейших налогоплательщиков, имеющие обособленные подразделения, заполняют 6-НДФЛ отдельно по каждому подразделению и представляют его, в том числе в отношении работников этих подразделений, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика, либо в отношении работников этих подразделений - в налоговый орган по месту учета по соответствующему обособленному подразделению.
Учитывая изложенное, расчет по форме 6-НДФЛ заполняется налоговым агентом отдельно по каждому обособленному подразделению, включая те случаи, когда подразделения находятся в одном муниципальном образовании.
При этом по строке "КПП" указывается КПП по месту учета организации по месту нахождения ее обособленного подразделения.
