В письме от 09.11.16 № 03-11-11/65552 Минфин напомнил, что ИП на УСН при реализации товаров (работ, услуг) счета-фактуры по общему правилу не составляют.

Однако если такой налогоплательщик выставит покупателю счет-фактуру с выделением НДС, то обязан заплатить НДС в бюджет.

В соответствии с подпунктом 22 пункта 1 статьи 346.16 НК при определении объекта налогообложения налогоплательщик на УСН уменьшает полученные доходы на суммы налогов и сборов, уплаченные в соответствии с законодательством о налогах и сборах, за исключением налога по УСН и НДС, уплаченного в бюджет в случае выставления счета-фактуры.