В письме от 14.11.16 № 03-03-06/1/66457 Минфин указал, что доходы налогоплательщика от реализации или от иного выбытия ценных бумаг (в том числе от погашения или частичного погашения их номинальной стоимости) определяются, в частности, исходя из цены реализации или иного выбытия ценной бумаги. Расходы при этой операции определяются исходя из цены приобретения ценной бумаги (включая расходы на ее приобретение) и затрат на ее реализацию (пункты 2 и 3 статьи 280 НК).
На основании подпункта 7 пункта 7 статьи 272 НК по расходам, связанным с приобретением ценных бумаг, включая их стоимость, датой осуществления внереализационных и прочих расходов в общем случае признается дата реализации или иного выбытия ценных бумаг.
На основании подпункта 23 пункта 1 статьи 346.16 и подпункта 2 пункта 2 статьи 346.17 НК налогоплательщик на УСН учитывает расходы по приобретению ценных бумаг в составе расходов при их реализации.
Таким образом, налоговая база по операциям с ценными бумагами в целях налогообложения прибыли определяется при их реализации (погашении) или ином выбытии. При этом следует учитывать, что суммы, отраженные в составе расходов, не подлежат повторному включению в состав расходов. В этой связи суммы расходов, момент признания которых приходился на период применения УСН, для целей налогообложения прибыли не учитываются.
Поскольку в период применения УСН расходы по приобретению ценных бумаг не подлежали включению в налоговую базу, указанные расходы могут быть учтены для целей налогообложения прибыли на дату реализации ценных бумаг в порядке, установленном вышеуказанными пунктами статей 272 и 280 НК.
