В письме от 5 октября 2016 г. N СД-4-3/18862@ ФНС напомнила, что в некоторых случаях, предусмотренных пунктом 4 статьи 164 НК, сумма НДС должна определяться расчетным методом, налоговая ставка определяется как процентное отношение налоговой ставки к налоговой базе, принятой за 100 и увеличенной на соответствующий размер налоговой ставки.

Как следует из пункта 17 постановления пленума ВАС от 30.05.2014 N 33, при расчете суммы НДС, подлежащего уплате, следует учитывать, что по смыслу положений пунктов 1 и 4 статьи 168 НК сумма налога, предъявляемая покупателю при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, должна быть учтена при определении окончательного размера указанной в договоре цены и выделена в расчетных и первичных учетных документах, счетах-фактурах отдельной строкой. При этом бремя обеспечения выполнения этих требований лежит на продавце как налогоплательщике, обязанном учесть такую операцию по реализации при формировании налоговой базы и исчислении подлежащего уплате в бюджет налога по итогам соответствующего налогового периода.

Если в договоре нет прямого указания на то, что установленная в нем цена не включает в себя сумму налога, и иное не следует из обстоятельств, предшествующих заключению договора, или прочих условий договора, то предъявляемая покупателю продавцом сумма налога выделяется последним из указанной в договоре цены, для чего определяется расчетным методом.

Таким образом, согласно выводам суда, если исходя из условий договора и иных обстоятельств, связанных с заключением договора, следует, что указанная в нем цена сформирована без учета налога, применение расчетной налоговой ставки, предусмотренной пунктом 4 статьи 164 НК, необоснованно.

Кроме того, пункт 4 статьи 164 НК, устанавливающий перечень случаев применения расчетной ставки, не предусматривает такого основания для ее применения, как обложение налогом выручки (ранее не включенной в объект налогообложения) в связи с неправомерным использованием налоговой льготы (постановление ФАС Московского округа от 27.12.2012 по делу N А40-133513/10-129-398).

В этой связи при реализации услуг с применением освобождения от налогообложения НДС и формировании цены договора без НДС налог начисляется в соответствии с пунктом 3 статьи 164 НК по налоговой ставке 18%.

При этом обстоятельства формирования цены договора необходимо устанавливать в каждом конкретном случае в ходе мероприятий налогового контроля на основании доказательств в их совокупности и взаимной связи.