В письме от 26 сентября 2016 г. № ЕД-4-2/17979 ФНС рассказала о порядке проведения налоговых проверок в случаях представления уточненных налоговых деклараций за налоговые периоды, превышающие три года.

В соответствии с абзацем 2 пункта 1 статьи 81 НК при обнаружении налогоплательщиком недостоверных сведений, не приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, он вправе внести необходимые изменения и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию.

В соответствии с пунктом 4 статьи 80 НК налоговый орган не вправе отказать в принятии налоговой декларации, представленной налогоплательщиком по установленной форме (установленному формату).

Из системного толкования статей 80, 81, 88 НК следует, что праву налогоплательщика представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию корреспондирует обязанность налогового органа принять эту декларацию и в установленный срок провести камеральную проверку.

Положениями статьи 88 НК, регламентирующей порядок проведения камеральных проверок, не предусмотрено каких-либо ограничений относительно полноты проверки уточненок.

Также ни статья 80, ни статья 81 НК не содержат каких-либо специальных условий, ограничивающих налоговые органы в проверке уточненной налоговой декларации в полном объеме.

Таким образом, ограничений на проведение камеральной налоговой проверки уточненной налоговой декларации, в том числе представленной по истечении трехлетнего срока, нормы НК не содержат.

В соответствии с постановлением президиума ВАС от 16.03.2010 № 8163/09 предметом повторной выездной проверки, назначенной ввиду представления налогоплательщиком после проведения проверки уточненной декларации, в которой уменьшена сумма ранее исчисленного налога, являются только те сведения уточненной декларации, изменение которых повлекло уменьшение суммы налога. При этом в ходе проверки не могут быть повторно проверены данные, которые не изменялись налогоплательщиком либо не связаны с указанной корректировкой.

Также ФНС обращает внимание, что при отражении в карточке «Расчеты с бюджетом» (КРСБ) уточненных налоговых деклараций «к уменьшению» должен быть соблюден порядок приема уточненных деклараций за периоды, по которым истек срок исковой давности в силу ограничений пункта 7 статьи 78 НК.

Если указанные декларации поданы «к уменьшению» и принято решение об отказе в зачете (возврате) сумм излишне уплаченного налога на основании пункта 7 статьи 78 НК, то в программном комплексе «Система ЭОД» такие налоговые декларации только регистрируются без создания строк начислений налога (сбора) в КРСБ.