В письме от 27.09.16 № 03-04-05/56176 Минфин напомнил, что согласно пункту 1 статьи 231 НК излишне удержанная налоговым агентом из дохода физлица сумма НДФЛ подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления налогоплательщика.

Возврат физлицу данной суммы производится налоговым агентом за счет сумм НДФЛ, подлежащих перечислению в бюджетную систему РФ в счет предстоящих платежей как по указанному налогоплательщику, так и по иным налогоплательщикам, с доходов которых налоговый агент удерживает НДФЛ. Деньги возвращаются в течение трех месяцев со дня получения налоговым агентом заявления налогоплательщика.

Таким образом, при наличии налогового агента налоговый орган не может производить возврат излишне удержанной налоговым агентом суммы налога. При этом в ситуации, когда налогоплательщик получает от налогового агента отказ в возврате излишне удержанного налоговым агентом суммы НДФЛ, вопрос может быть решен в судебном порядке.