Компания производила как облагаемые, так и не облагаемые НДС операции, в частности, не подлежащие налогообложению операции по предоставлению займов. Проценты, полученные по договорам займа, не были учтены компанией в общей стоимости отгруженных товаров (работ, услуг) при расчете пропорции, применяемой для распределения НДС, поскольку раздельный учет сумм НДС по приобретенным товарам (работам, услугам), компания не вела.
По результатам выездной проверки инспекция указала на неправомерное завышение вычетов по НДС, поскольку компания была не вправе применять правило «пяти процентов», предусмотренное пунктом 4 статьи 170 НК. Инспекция привела свой расчет пропорции для исчисления вычета, доначислила налог, пени и штраф.
Компания оспорила решение инспекции в суде (дело № А56-75849/2015), поясняя, что не превышала 5%-ного лимита расходов по операциям, которые не подлежат налогообложению, поскольку эти затраты у нее фактически отсутствовали. То есть, она была вправе не рассчитывать пропорцию общехозяйственных расходов, приходящихся на облагаемые и не облагаемые НДС операции, и возместить налог по общехозяйственным расходам в полном объеме.
Суды трех инстанций (постановление кассации Ф07-7290/2016, Ф07-7538/2016 от 28.09.2016) признали законным решение инспекции, отклонив довод истца о неправомерности расчета инспекции. Суды указали на невозможность соотнести произведенный инспекцией расчет с утвержденной налогоплательщиком методикой, ввиду отсутствия таковой.
