18 июля 2014 года компания направила в ИФНС декларацию по НДС за 2 квартал с суммой налога в размере 1,4 млн рублей к уплате, а также в банк - 11 поручений на перечисление НДС за 2 квартал в размере 2,5 млн рублей. Шесть поручений не были исполнены банком в связи с недостаточностью денежных средств на корреспондентском счете банка и отзывом лицензии 25 июля.

Суды трех инстанций (дело № А09-13920/2014) разъяснили, что перечисление через проблемный банк денежных средств в большей сумме, чем это было необходимо для уплаты налога за 2 квартал 2014 года, свидетельствует о недобросовестности налогоплательщика и направленности его действия на умышленный вывод денежных средств из проблемного банка с целью возврата их из бюджета как излишне уплаченных.

Суды отклонили довод компании о регулярных платежах по налогам в большем размере, чем предусмотрено по сроку уплаты, переплаты обычно корректировались налоговой декларацией и учитывались инспекцией в счет уплаты очередных платежей. Суды пояснили, что досрочной уплатой налога считается уплата при наличии соответствующей обязанности после окончания налогового (отчетного) периода, когда сформирована налоговая база и определена сумма налога, подлежащая к уплате, но до наступления срока платежа. На дату оформления спорных платежных поручений у налогоплательщика отсутствовали налоговые обязательства по уплате НДС за 3 квартал. По мнению судов, перечислив в бюджет платежи при отсутствии налоговой обязанности, плательщик не выполняет обязанность по уплате налога, а добровольно пополняет счета бюджета для последующего зачета возникающих налоговых обязательств.

Суды (постановление кассации Ф10-3288/2015 от 18.08.2016) также учли, что 7 ноября компания направила в инспекцию заявление о возврате переплаты НДС за 2 квартал.