Компания реализовывала пиломатериалы за пределы таможенной границы в Республику Узбекистан через Республику Казахстан. В декларации за 1 квартал 2014 года компания заявила право на применение ставки 0% по НДС, представив в подтверждение копии контрактов и спецификаций, паспорта сделок, декларации на товары, дубликаты железнодорожных накладных, счета-фактуры.

По результатам камеральной проверки инспекция отказала в применении нулевой ставки, указав на отсутствие отметок о вывозе товара с таможенной территории Таможенного союза (абзац 5 подпункта 4 пункта 1 статьи 165 НК). По мнению инспекции, отсутствие данных отметок не может быть восполнено совокупностью иных документов (в том числе грузовых таможенных деклараций, где такая отметка имеется).

Суды трех инстанций (дело № А45-9894/2015) признали незаконным решение инспекции, указав на отсутствие обстоятельств, позволяющих усомниться в добросовестности налогоплательщика.

Согласно ответу таможни, в просьбе о проставлении отметок «Выпуск разрешен» на дубликатах железнодорожных накладных налогоплательщику было отказано со ссылкой на то, что проставление таких отметок на этих документах не предусмотрено таможенным законодательством. Таможня также пояснила, что груз по вышеуказанным декларациям за пределы таможенной территории Таможенного союза вывезен полностью.

Учитывая, что налогоплательщик, располагая только дубликатами железнодорожных накладных, не имел возможности получить у таможенных органов оттиск штампа «Выпуск разрешен» и снять копии с оригиналов железнодорожных накладных, он не может быть лишен права на применение вычетов НДС по причине формального отказа таможенного органа в оформлении документов, а налогового органа - в принятии этих документов.

В решении кассации (Ф04-2538/2016 от 25.07.2016) указано: «штамп таможенного органа «Выпуск разрешен» присутствует на представленных налоговому органу ГТД, номера которых, в свою очередь, указаны в дубликатах накладных, также как и номера вагонов, в которых следует товар».

Аналогичные выводы суды трех инстанций, в том числе ВС, высказывали по делам А45-23970/2014 и А45-23970/2014.