Компания занималась добычей золота с последующей реализацией драгметаллов банкам на основании договоров купли-продажи.

ИФНС провела в отношении компании выездную проверку. Налоговая согласна с правом компании на нулевую ставку, однако указала на непредставление компанией необходимого в соответствии со статьей 165 НК пакета подтверждающих документов, которые подаются одновременно с представлением налоговой декларации. В результате налогоплательщиком за 2011-2013 годы необоснованно заявлены налоговые вычеты в размере 8,5 млн рублей.

Суд первой инстанции (дело № А58-3340/2015) признал недействительным решение инспекции.

Апелляция отменила его решение, указав также на обязанность налогоплательщиков предусмотреть в учетной политике порядок определения суммы входящего налога, относящейся к товарам (работам, услугам), операции по реализации которых облагаются по нулевой ставке.

Суд установил, что на момент заявления вычета необходимые документы компанией представлены не были, учетная политика компании не предусматривает ведение учета, обеспечивающего особый порядок применения вычетов НДС, связанный с применением ставки налога 0%, и тем самым не соответствует требованиям главы 21 НК. На уведомление инспекции о необходимости внесения изменений в методику ведения раздельного учета входного НДС налогоплательщик ответил отказом.

Компания обратилась с кассационной жалобой, в которой также опротестовала начисление пени, сославшись на пункт 8 статьи 75 НК - пени не начисляются на недоимку, образовавшуюся в результате выполнения налогоплательщиком письменных разъяснений инспекции по вопросам применения законодательства о налогах и сборах. При этом компания указывает на камеральные проверки, по результатам которых инспекция не установила вышеописанные нарушения.

Кассация (Ф02-2753/2016 от 10.06.2016) согласилась в целом с выводами апелляции, при этом указав: "данное обстоятельство не может быть признано по смыслу указанной нормы письменным разъяснением уполномоченного органа по вопросам налогообложения".