ИП занимался розничной торговлей, применяя ЕНВД, и оптовой торговлей, применяя общий режим. Он заявил вычеты со стоимости приобретенных товаров в налоговой декларации по НДС.

По результатам выездной проверки ИФНС отказала в вычетах, указав на отсутствие раздельного учета. При этом согласно абзацу 6 пункта 4 статьи 170 НК при отсутствии у налогоплательщика раздельного учета сумма налога по приобретенным товарам (работам, услугам), вычету не подлежит и в расходы, принимаемые при исчислении налога на прибыль, не включается.

Предприниматель оспорил решение инспекции в суде (дело № А45-5796/2015), полагая, что фактическое ведение раздельного учета налогооблагаемых и необлагаемых НДС операций налогоплательщик вправе подтвердить любыми способами, в том числе с помощью первичных документов, регистров бухгалтерского учета, иных самостоятельно разработанных документов для нужд раздельного учета.

Суды трех инстанций указали, что налоговое законодательство не содержит конкретных норм, регламентирующих порядок ведения раздельного учета в отношении операций, подлежащих и не подлежащих налогообложению, - налогоплательщики вправе самостоятельно разработать порядок ведения раздельного учета. Однако в удовлетворении требований суды отказали.

При ведении деятельности по ОСН и ЕНВД раздельный учет налогоплательщика должен позволить установить, в рамках какой системы налогообложения реализован тот или иной товар или оказаны услуги; учтена ли реализация этого товара или услуг при определении подлежащих уплате сумм налогов; учтены ли расходы и налоговые вычеты, связанные с приобретением товара или услуг, при исчислении налогов.

Суды (постановление кассации Ф04-2068/2016 от 15.06.2016) установили, что при увеличении объемов закупки товара, по которому заявлены вычеты НДС, в 4 кварталах 2011, 2012, 2013 годов у налогоплательщика образовывался остаток товара, переходящий на следующий год. Однако, доказательств того, что вышеуказанный остаток товара реально существует и не реализован в розницу налогоплательщиком, не представлено. Суды отклонили довод предпринимателя о ведении им складского учета в «1С: склад». Суд указали, что учетные регистры («Ведомость по остаткам ТМЦ на складах ЕНВД», «Отчет по продажам ТМЦ») составлены самим налогоплательщиком, а первичные документы, подтверждающие приобретение товара для реализации в розницу, не представлены. Таким образом, доказательств реализации товара, по которому заявлены вычеты, только оптом не представлено – доначисления законны.