Глава КФК применял УСН с объектом налогообложения "доходы, уменьшенные на расходы". При получении и подписании акта сверки расчетов по налогам, сборам и штрафам он узнал об излишне уплаченном налоге по УСН - в 2006 году он уплатил налог, но ввиду неверно заполненной декларации (нарушения инструкции по ее заполнению) эта сумма не была отражена в декларации. Он обратился в инспекцию с иском о возврате переплаты. Инспекция отказала в возврате со ссылкой на истечение трехлетнего срока.

Налоговая считает, что наличие в документах внутриведомственного учета ФНС (лицевых карточках налогоплательщика) сведений о налоговых платежах и переплатах (задолженности) само по себе не подтверждает реальную недоимку или переплату без подтверждения первичными документами и не нарушает прав и законных интересов налогоплательщика.

Суды трех инстанций (дело № А60-47181/2015), исходили из того, что в данном случае именно день получения акта сверки является моментом, с которого следует исчислять 3 года для обращения в суд с заявлением о возврате излишне уплаченного налога. Следовательно, срок для обращения в суд истцом не пропущен. В материалах дела не имеется доказательств того, что на дату уплаты налога налогоплательщику достоверно было известно об излишнем перечислении в бюджет налогов, либо доказательств выявления такого обстоятельства до проведения сверки, равно как и доказательств того, что налогоплательщик обращался ранее в налоговый орган по поводу возникшей переплаты.

Довод инспекции о том, что факт излишней уплаты налога не подтвержден документально, суды (постановление кассации АС Уральского округа Ф09-6580/2016 от 16.06.2016) отклонили, поскольку данный довод не являлся основанием для отказа в возврате излишне уплаченного налога.

Бывает, что суды по аналогичному вопросу занимают противоположную позицию, считая, что налогоплательщик должен знать о переплате в день подачи декларации, поскольку обязан правильно исчислять сумму налога, а подписание акта сверки не прерывает течение исковой давности, поскольку не свидетельствует о признании долга.