ИП приобретал сырье, используемое для производства лесопродукции, поставляемой, в том числе, на экспорт. Входной НДС определенного налогового периода, в котором произведены экспортные отгрузки, распределялся между экспортными и внутренними операциями пропорционально доле таких операций в данном периоде.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила предпринимателю НДС, пени и штраф, указав на отсутствие ведения раздельного учета затрат на производство и реализацию товаров, используемых в операциях, облагаемых по различным налоговым ставкам.

Суды трех инстанций (дело № А19-11601/2015) признали недействительным решение инспекции, разъяснив, что налогоплательщик должен самостоятельно разработать порядок раздельного учета «входного» НДС и методику его распределения между видами реализованной продукции для применения налоговых вычетов. При этом НК не обязывает закреплять эту методику непосредственно в учетной политике. Следовательно, фактическое ведение раздельного учета налогоплательщик вправе подтвердить любыми способами, в том числе с помощью первичных документов, регистров бухгалтерского учета, иных самостоятельно разработанных документов для нужд раздельного учета.

Суды сочли достаточными представленные предпринимателем документы по ведению раздельного учета с указанием общего объема отгруженной продукции за период, коэффициентов отгрузки товара на экспорт, подтверждения экспорта, книги покупок, заполненной, в том числе, с учетом особенностей статей 164, 165 НК (в которой сумма НДС, уплаченная в составе цены сырья, была указана в отношении товара, реализация которого в таможенном режиме экспорта подтверждена). Суды также приняли данные учета приобретенного и израсходованного сырья по видам товара с информацией о сырье, использованном при производстве отгруженной лесопродукции, приобретенном и оставшемся на складе; требования-накладные и отчеты производства за смену в отношении лесопродукции, экспорт по которой подтвержден. В постановлении кассации Ф02-2434/2016 от 20.05.2016 также говорится, что "в книге покупок-продаж" предпринимателя имеется распределение по видам затрат - по экспорту или к внутреннему рынку.