В ходе выездной проверки инспекция установила занижение налоговой базы из-за неверно определенных компанией кодов ОКОФ в отношении ряда основных средств. В возражениях на акт проверки компания указала на то, что при вынесении решения по проверке необходимо учесть льготы по налогу на имущество (по пункту 11 статьи 381 НК - в отношении федеральных автомобильных дорог общего пользования и сооружений, являющихся их неотъемлемой технологической частью).

Инспекция, не имея претензий к документам, подтверждающим право на льготу, отказала в ее предоставлении, сославшись на право налогоплательщика заявить о льготах только в уточненной налоговой декларации. По результатам проверки ИФНС доначислила компании налог на имущество, пени  и штраф.

Суды трех инстанций (дело № А40-56797/2015) отменили решение инспекции, указав на постановление пленума ВАС от 30.07.2013 № 57 «О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой НК РФ» - налогоплательщик вправе заявить о применении налоговой льготы в рамках проведения выездной налоговой проверки (в части льгот, имеющих отношение к предмету проводимой проверки и проверяемому налоговому периоду).

Кроме того, согласно статье 32 НК инспекция, получив документы, свидетельствующие о возможном праве на налоговую льготу, обязана их проверить и принять решение о предоставлении либо об отказе в предоставлении заявленной льготы. Таким образом, налоговая не вправе отказать в предоставлении права на льготу только лишь в связи с избранием формы заявления о таком праве не в соответствии с рекомендованной инспекцией.

Суды (постановление кассации Ф05-4385/2016 от 19.04.2016) указали, что компания реализовала свое право на налоговую льготу в возражениях на акт проверки, действовав в соответствии с разъяснениями пленума ВАС.