В письме от 15 марта 2016 г. N 03-04-06/14288 Минфин ответил на вопрос об исчислении НДФЛ при продаже долей в ООО, приобретенных в разные годы.
В 2006 году налогоплательщик приобрел 100% долю в уставном капитале ООО, которое в 2013 году было реорганизовано путем присоединения другого ООО с уменьшением доли налогоплательщика в уставном капитале. В 2014 году налогоплательщик приобрел у другого участника его долю в реорганизованном обществе.
Абзацем вторым подпункта 1 пункта 1 статьи 220 НК предусмотрено, что при продаже доли (ее части) в уставном капитале организации налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
Вместе с тем, в соответствии с пунктом 17.2 статьи 217 НК доходы, получаемые от реализации (погашения) долей участия в уставном капитале российских организаций при условии, что на дату реализации (погашения) таких долей участия они непрерывно принадлежали налогоплательщику на праве собственности или ином вещном праве более пяти лет, освобождаются от налогообложения. Это применяется в отношении ценных бумаг (долей в уставном капитале), приобретенных налогоплательщиками начиная с 1 января 2011 года. То есть в рассмотренной ситуации в отношении части доли, срок нахождения в собственности которой исчисляется с 2006 года, пункт 17.2 статьи 217 НК не применяются.
В случае реализации долей, полученных налогоплательщиком при реорганизации ООО путем присоединения в установленном порядке другого ООО, срок их нахождения в собственности налогоплательщика исчисляется с даты приобретения в собственность долей в уставном капитале реорганизованного общества.
Что касается доли в ООО, приобретенной в 2014 году, то после истечения пятилетнего срока непрерывного нахождения ее в собственности налогоплательщика доходы от ее реализации могут освобождаться от налогообложения.