Президентом подписан и официально опубликован федеральный закон от 30.03.2016 № 72-ФЗ "О внесении изменений в часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации в части завершения действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области".

Согласно документу с 1 апреля 2016 года не будет уплачиваться исчисленный НДС при выпуске товаров для внутреннего потребления при завершении действия таможенной процедуры СТЗ. Это не будет касаться спецрежимников и случаев освобождения от НДС согласно главе 21 НК.

Согласно статье 151 НК в общем случае НДС не уплачивается при помещении импортируемых товаров под процедуру СТЗ, но уплачивается в случае выпуска для внутреннего потребления. Однако до апреля текущего года для юрлиц, зарегистрированных в Калининградской области до 1 апреля 2006 года (то есть до момента, когда утратил силу прежний закон об ОЭЗ и вступил в силу новый), должны были продолжать действовать льготы по НДС при растаможке на Россию переработанных в ОЭЗ товаров, установленные прежним законом об ОЭЗ. Однако в 2011 году данные переходные положения утратили силу, а в 2013 году часть льгот была трансформирована в механизм компенсаций из федерального бюджета. При этом еще в период с 2006 по 2011 годы была установлена масса изъятий из льготного таможенного режима.

Согласно принятому закону если в течение 180 дней товар не будет использован в операциях, облагаемых НДС, налог, исчисленный при растаможке для внутреннего потребления и не уплаченный, придется уплатить, а затем в случае использования товаров в таких операциях, налог можно принять к вычету.