В письме от 09.03.16 № 03-07-11/12872 Минфин напомнил, что в перечень операций, не подлежащих налогообложению НДС,  включены выполняемые банками банковские операции (за исключением инкассации), в том числе по выдаче поручительств за третьих лиц, предусматривающих исполнение обязательств в денежной форме; а также отдельные банковские операции, которые можно совершать без лицензий ЦБ.

Выдача поручительства за третье лицо облагается НДС в общеустановленном порядке, если организация, выдающая такое поручительство, не является банком, и на такую организацию не возложено право вести отдельные банковские операции без лицензии ЦБ.