В письме от 5 февраля 2016 года № 03-07-14/5857 Минфин указал, что необходимость ведения раздельного учета сумм НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) касается случаев, когда налогоплательщик производит одновременно как облагаемые НДС операции, так и не облагаемые по любым основаниям, предусмотренным главой 21 НК, в том числе операции, не признаваемые объектом налогообложения.
Согласно абзацу седьмому пункта 4 статьи 170 НК налогоплательщик вправе не вести раздельный учет НДС в тех налоговых периодах, в которых доля совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5% общей величины совокупных расходов на приобретение, производство и (или) реализацию. При этом все суммы налога, предъявленные таким налогоплательщикам продавцами в указанном налоговом периоде, подлежат вычету.
В составе названных совокупных расходов Минфин считает нужным учитывать как прямые, так и общехозяйственные. Это касается как общей суммы расходов, так и расходов по необлагаемым операциям.
Аналогичного мнения придерживаются также суды.
