В 4 квартале 2009 года компания излишне перечислила НДФЛ в размере 1,8 млн рублей. В дальнейшем в течение 2010-2011 годов компания исчисляла, удерживала, но не перечисляла суммы НДФЛ в этом же размере, поскольку полагала, что уже уплатила эту сумму.

По результатам выездной проверки ИФНС доначислила НДФЛ, пени и штраф, указав, что излишне перечисленные налоговым агентом суммы НДФЛ не могут рассматриваться в качестве НДФЛ, поскольку в пункте 9 статьи 226 НК содержится прямой запрет на уплату налога за счет средств налогового агента. Заявление о зачете переплаты было подано только в ходе проверки, отказ по нему последовал 13 ноября 2013 года, а 28-го составлен акт проверки.

Суд первой инстанции (дело № А64-2400/2014) согласился с выводами инспекции.

Апелляция отменила решение суда, указав, что приведенный запрет не означает наличие у налогового органа права отказаться от определения фактической обязанности налогового агента по результатам налоговой проверки с учетом «дебетового» сальдо расчетов с бюджетом.

Однако кассация все же признала решение инспекции законным, обратив внимание, что налогоплательщик обратился с заявлением о зачете по истечении трех лет не только с момента уплаты соответствующих сумм, но и по истечении трех лет с момента представления в налоговый орган сведений в порядке статьи 230 НК (справок по форме 2-НДФЛ за 2009 год). Обращение в суд также оказалось за пределами трехлетнего срока.

В решении кассации (Ф10-47/2016 от 10.02.2016) указано: "положения пунктов 5 и 7 ст.78 НК дают …возможность в любой момент в течение достаточно продолжительного времени – трех лет со дня, следующего за днем наступления обстоятельств, влекущих за собой право на зачет либо возврат излишне уплаченных сумм, обратиться с заявлением о зачете либо возврате таких платежей".

Суд не дал оценку доводу налоговиков о запрете уплаты НДФЛ за счет средств фирмы, но отметил, что "налоговый агент, будучи собственником соответствующих денежных средств, призван проявлять должную заботливость в отношении их использования на цели, для которых они предназначены, и, соответственно, может нести неблагоприятные последствия, связанные с отсутствием с его стороны надлежащей осмотрительности".