По результатам выездной проверки ИФНС доначислила компании налог на прибыль, пени и штрафы. Компания оплатила их в федеральный бюджет, бюджет Оренбургской области и бюджет Самарской области (по месту нахождения обособленных подразделений), как путем перечисления денежных средств, так и путем зачета на основании заявлений налогоплательщика. Суд признал решение инспекции недействительным, и компания обратилась в инспекцию (по месту нахождения головной фирмы) с заявлением о возврате переплаты по налогу, пени и штрафу. Однако ИНФС отказалась производить зачет налога, уплаченного в бюджет Самарской области.

Суды трех инстанций (дело № А47-2220/2015) признали действия инспекции незаконными, разъяснив, что каких-либо специальных правил зачета и возврата излишне уплаченных налогов, пеней и штрафов в отношении крупнейших налогоплательщиков статьи 78 - 79 НК не устанавливают.

В решении кассации (Ф09-11730/2015 от 04.02.2016) указано: «организации, которые имеют переплату в связи с деятельностью обособленного подразделения, вправе подать заявление о зачете или возврате излишней суммы в инспекцию по месту учета головной организации или по месту учета обособленного подразделения».