В письме от 04.02.2016 № ЕД-4-15/1636 ФНС напомнила, что согласно изменениям в статью 165 НК, вступившим в силу с 1 октября 2015 года, налогоплательщику-экспортеру для подтверждения нулевой ставки НДС предоставлено право представить в налоговый орган в электронной форме реестры документов вместо их копий.

Формы и порядок заполнения реестров, а также их форматы и порядок представления в электронной форме утверждены приказом ФНС от 30.09.2015 № ММВ-7-15/427 (также установлен перечень возможных реестров).

При этом экспортер по своему выбору может представить либо документы, предусмотренные пунктом 1 статьи 165 НК, на бумажном носителе, либо Реестр сведений № 1 в электронной форме и документы, предусмотренные подпунктами 1, 4 и 5 пункта 1 (за исключением случая, предусмотренного абзацем пятым подпункта 5 пункта 1) статьи 165 НК, на бумажном носителе, либо Реестр сведений № 5 в электронной форме и документ, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 статьи 165 НК, на бумажном носителе.

Налоговый орган, проводящий камеральную проверку, вправе истребовать у налогоплательщика документы, сведения из которых включены в реестры. Копии данных документов представляются налогоплательщиком в течение 20 календарных дней с момента (дня) получения требования налогового органа. Указанные документы должны соответствовать требованиям, предусмотренным статьей 165 НК, в том числе содержать соответствующие отметки российского таможенного органа. Если документы по требованию не представлены, то обоснованность применения налоговой ставки 0% в соответствующей части считается неподтвержденной.