В письме от 19.01.2016 № 03-11-12/1500 Минфин указал, что ИП-налоговые агенты, которые состоят в налоговом органе на учете по месту своей деятельности в связи с применением ЕНВД и/или ПСН, исчисленные и удержанные суммы НДФЛ с доходов наемных работников обязаны перечислять в бюджет по месту своего учета в связи с осуществлением такой деятельности.

Исходя из изложенного, НДФЛ с доходов, выплачиваемых работникам, занятым в деятельности, в отношении которой применяется ПСН, следует перечислять в бюджет по месту учета ИП в связи с "патентной" деятельностью.