В письме от 10 декабря 2015 г. N 03-07-14/72142 Минфин ответил на вопрос о последствиях для налогоплательщика, не отказавшего от льготы по НДС в отношении не облагаемых НДС операций, однако уплачивает с них НДС по ставке 18% и принимает входящий налог к вычету.

При решении данного вопроса возможно руководствоваться пунктом 6 постановления пленума ВАС от 30 мая 2014 г. N 33.

В данном пункте постановления говорится следующее. В силу подпункта 2 пункта 5 статьи 173 НК налог подлежит уплате в бюджет, если при реализации налогоплательщиком товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению, покупателю был выставлен счет-фактура с выделением суммы налога.

При применении этой нормы во взаимосвязи с другими положениями главы 21 НК необходимо учитывать, что при таких обстоятельствах обязанность уплатить налог возлагается на лицо, являющееся налогоплательщиком, в связи с чем это лицо вправе применить и налоговые вычеты по товарам (работам, услугам), имущественным правам, приобретенным для указанных операций. Одновременно налогоплательщик обязан внести соответствующие коррективы в расчет налога на прибыль (НДФЛ), если сумма налога, предъявляемая к вычету, ранее была учтена им при исчислении названных налогов как часть стоимости приобретенных товаров (работ, услуг), имущественных прав.