Во 2 квартале 2013 года компания занималась реализацией консультационных услуг (облагаемые НДС операции) и получала проценты по ранее выданным займам (необлагаемые НДС операции в силу подпункта 15 пункта 3 статьи 149 НК). Доходы, полученные от операций по предоставлению займов, не включались в налоговую базу при исчислении НДС.

Входящий НДС по косвенным расходам (аренда и охрана офиса, приобретение канцелярских товаров, консультационные услуги, хозяйственные расходы) в размере 216 млн рублей компания не распределяла согласно "правилу 5%", установленному пунктом 4 статьи 170 НК, на налог, подлежащий вычету (пропорционально доле облагаемых операций), и налог, подлежащий отнесению в состав расходов (пропорционально доле необлагаемых операций). Распределялся НДС только по прямым расходам.

В ходе камеральной проверки декларации по НДС инспекция установила неверное определение пропорции и произвела расчет подлежащего вычету НДС.

Суды трех инстанций (дело № А40-168860/2014) признали решение инспекции законным, установив, что доход компании от основного вида деятельности (консультирования) составил 1,7 млн рублей, а от операций по предоставлению займов 59 млн рублей.

Суды разъяснили, что согласно пункта 4 статьи 170 НК налогоплательщик вправе заявить к вычету налог в отношении операций, подлежащих налогообложению. При этом налогоплательщик обязан вести раздельный учет налога по облагаемым и необлагаемым операциям. Он освобождается от этой обязанности, если доля совокупных расходов по необлагаемым операциям не превышает 5% общей величины расходов. В этом случае все суммы налога подлежат вычету. Для расчета пропорции налогоплательщик должен определить сумму расходов, относящихся к необлагаемым операциям, учитывая при этом как прямые, так и косвенные (общехозяйственные) расходы.

В данном случае, отнеся на необлагаемые расходы только прямые, налогоплательщик неправомерно завысил сумму НДС в вычету.

Суды (постановление кассации Ф05-19101/2015 от 21.01.2016) также учли, что компания получает большую часть выручки от необлагаемой НДС деятельности по представленным займам (более 96%); доход от остальной, называемой налогоплательщиком «основной деятельностью» составляет менее 4%, при этом, налогоплательщик имеет постоянный убыток, не уплачивая фактически налог на прибыль и возмещая НДС. Применяемая налогоплательщиком методика позволяет относить 99,9% «входного» налога на 4% облагаемых операций и 0,1% - на 96% необлагаемых операций, что не соответствует действительному экономическому смыслу деятельности компании.