24 марта 2014 года компания (налоговый агент) обратилась в инспекцию с заявлением о возврате переплаты по НДС. Инспекция отказала, сославшись на пропуск трехлетнего срока – налог был оплачен платежным поручением от 13 января 2011 года. 

Компания пыталась оспорила решение инспекции в суде (дело № А40-60581/2015), сославшись на платежные поручения от 20 апреля, 22 декабря 2011 года. Компания пояснила, что переплата образовалась в июле 2010 года в результате ошибочного перечисления налога. В сентябре 2010 года компания направила в инспекцию заявление о зачете задолженности в счет текущих платежей. По мнению компании, инспекция была обязана сделать зачет, но эту обязанность не исполнила, в связи с чем все суммы НДС, которые были уплачены компанией для избежания возникновения задолженности (текущие платежи компания уплачивала), и рисков начисления пеней и штрафов, следует считать переплатой.

Суды трех инстанций признали решение инспекции законным, установив, что платежи по перечисленным компанией поручениям произведены в счет исполнения текущих обязательств по НДС. При этом наличие переплаты определяется исходя из налоговых деклараций и платежных поручений: в случае превышения сумм, указанных в платежных поручениях, над суммами, указанными в налоговых декларациях к уплате за конкретный налоговый период.

Зачет в счет предстоящих платежей производится инспекцией (как при наличии заявления о зачете, так и при его отсутствии) только, если налог не будет уплачен налогоплательщиком в установленный срок при наличии переплаты. В данном случае при наличии переплаты компания продолжала уплачивать НДС путем перечисления денежных средств, то есть исключила возможность проведения инспекцией зачета.

В решении кассации (Ф05-18975/2015 от 18.01.2016) указано: "НК РФ не предусмотрено, что зачет как форма уплаты налога в счет предстоящих платежей за данный конкретный налоговый период должен быть произведен несмотря на то, что налогоплательщик производит уплату налога в форме перечисления денежных средств за этот же конкретный налоговый период".