Компания сдала налоговую декларацию по НДС за 1 квартал 2012 года с суммой налога к возмещению. По результатам камеральной проверки инспекция приняла решение о возмещении налога (19,2 млн рублей) и 13 октября перечислила его на счет компании.

Налоговую декларацию за 2 квартал 2014 года компания также представила с суммой налога к возмещению (14 млн рублей). Инспекция также приняла решение о возмещении. Налог был перечислен на счет компании 21 января 2015 года.

По результатам выездной проверки (акт проверки от 23.07.2014) инспекция отказала в вычетах по одному из контрагентов за 1 квартал 2012 года и 2 квартал 2014 года, и доначислила пени по НДС. 

Суды первой инстанции (дело № А60-4800/2015) признал решение инспекции законным.

Апелляция отменила его решение, указав на пункт 5 статьи 176 НК и на наличие в периодах доначисления переплаты (то есть невозмещенного НДС). Согласно указанной норме при наличии недоимки по налогу, образовавшейся в период между датой подачи декларации и датой возмещения и не превышающей сумму, подлежащую возмещению, пени на сумму недоимки не начисляются. Суды распространили эту норму на спорные правоотношения - при наличии невозмещенного НДС в периоде доначислений пени не начисляются.

Суд установил, что с 20 апреля (срок подачи декларации за 1 квартал 2012 года) по 13 октября 2012 года и с 20 июля 2014 года (срок подачи декларации по НДС за 2 квартал 2014 года) по 21 января 2015 года у компании имелась переплата, превышающая доначисленную сумму НДС. Таким образом, оснований для начисления пени у инспекции не имелось. Кассация (Ф09-10484/2015 от 28.12.2015) согласилась с выводами апелляции.